Makna Lambang Universitas Islam Kalimantan (UNISKA) Muhammad Arsyad Al Banjari adalah sebagai berikut:
Sudut segi lima sama sisi melambangkan Pancasila yang menjadi azas dan falsafah almamater;
Berlian berpancar lima menggambarkan kekerasan tekad untuk memperjuangkan dan mencapai cita-cita dengan landasan Pancasila dan Undang-Undang Dasar 1945 di bawah ridho Tuhan Yang Maha Esa;
Kubah Masjid dan kitab Sabilal Muhtadin dalam posisi terbuka melambangkan terbukanya kesempatan bagi seluruh umat untuk mempelajari ilmu pengetahuan, teknologi, dan seni secara Islami disamping sebagai monumental bagi mengenang dan meneladeni Syeikh Muhammad Arsyad Al Banjari, penulis kitab Sabilal Muhtadin, beliau disamping sebagai ulama besar adalah juga pelopor dalam hal pertanian pasang surut dan tanaman pangan di tanah bergambut;
Setangkai padi dan kapas melambangkan kemakmuran yang ingin diwujudkan serta jumlah masing-masingnya 17 dan 8 dimaksudkan agar semua keluarga besar UNISKA selalu memegang teguh hakekat Proklamasi Kemerdekaan Republik Indonesia 17 Agustus 1945;
Perahu tambangan di atas riak air melambangkan bahwa kehidupan itu penuh perjuangan berupa tantangan, hambatan, dan gangguan;
Lingkaran dengan tulisan Universitas Islam Kalimantan Muhammad Arsyad Al Banjari melambangkan Hablum Min-Allah dan Hablum Minan Nas yang tidak mengenal putus;
Warna:
Kuning Emas : Optimisme
Merah Tua : Semangat pelayanan yang tak kenal padam
Putih : Suci dalam, pikiran dan perbuatannya
Biru Laut : Betapa luas dan dalamnya khazanah ilmu pengetahuan
